شناسایی نشانگرهای پیوسته به ژن‌های کنترل‌کننده تحمل به خشکی از نیازهای اصلاح ارقام برنج با عملکرد زیاد در نواحی خشک می‌باشد. در مطالعه حاضر، برخی صفات مرتبط با تحمل به خشکی در برنج با استفاده از نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 192 فرد و خانواده مشتق از تلاقی بین دو رقم شاه‌پسند (متحمل) و28 IR (حساس) در مزرعه تحقیقاتی دانشگاه گنبد کاووس در سال زراعی 1389 برای شناسایی QTL های تعیین‌کننده تحمل به خشکی روی کروموزوم یک و شش کشت شدند. نقشه پیوستگی با استفاده از 33 نشانگر ریزماهواره چند شکل و 192 فرد، دو گروه پیوستگی تشکیل داد که 366 سانتی‌مورگان از ژنوم برنج را پوشش داد. در این مطالعه، ناحیه‌ای از کروموزوم یک در فاصله 5638RM - 8155RM و هم‌چنین کروموزوم شش در فاصله 162RM - 7434 RM و 217RM - 4608RM مشخص شد که چندین صفت را در شرایط تنش خشکی تحت کنترل داشتند. نتایج نشان داد که QTL های کنترل‌کننده درجه سوختگی برگ با QTL های درجه لوله شدن برگ روی کروموزوم 1 همپوشانی دارند. سه QTL برای درصد باروری مکان‌یابی شد. از بین QTL های ردیابی شده، دو QTL کنترل‌کننده درجه لوله شدن برگ (1-qROL) و درجه باروری (6-qFER) بزرگ‌اثر تشخیص داده شدند که به ترتیب توجیه 11/14 و 65/14 درصد از تغییرات فنوتیپی را به خود اختصاص دادند. براساس نتایج این بررسی، روش‌های اصلاحی متکی بر هرمی کردن ژن‌ها برای فن انتخاب به کمک نشانگر می‌توانند برای تولید رقم های جدید با عملکرد زیاد در شرایط تنش خشکی مفید باشند. با توجه به این‌که نواحی مذکور درصد قابل توجهی از تغییرات فنوتیپی را توجیه نمودند، پتانسیل کاربردی شدن در برنامه‌های انتخاب به کمک نشانگر برای تحمل به خشکی را دارند.